Die wertvollen Kunstschätze der Sammlungen der Erzabtei St. Peter, die in der Langen Galerie und im Museum St. Peter zu sehen sind, verbildlichen die Geschichte des ältesten Klosters im deutschsprachigen Raum.
St. Peter blickt seit seiner Gründung beziehungsweise Erneuerung durch Bischof Rupert im Jahre 696 auf eine ungebrochene Kontinuität zurück und gilt als das älteste noch bestehende Kloster im deutschen Sprachraum. Wie in den meisten klösterlichen Sammlungen bildet der mittelalterliche Kirchenschatz die Grundlage der St. Petrischen Sammlungen. Die religiöse Lebensform eines Klosters und die Feier der heiligen Liturgie erforderten bestimmte Gerätschaften (Vasa sacra) und Textilien (Paramente), die in der Sakristei und später in der Schatzkammer aufbewahrt wurden. Die bedeutenden Sammlungen der Erzabtei umfassen neben dem Kirchenschatz auch eine Gemäldesammlung, große Bestände an Grafiken, Münzen, Kunsthandwerk, Mineralien, Musikinstrumenten u.a.m.
Im Museum St. Peter, das sich im sogenannten Wallistrakt der alten erzbischöflichen Residenz (dem ehemaligen Hofbogengebäude) befindet, wird eine Auswahl der schönsten Exponate präsentiert: etwa das sogenannte Rupertuspastorale (ein Abtstab aus dem 11./12. Jahrhundert), ein Messkelch aus dem 12. Jahrhundert und ein besonders gut erhaltenes Kaselkreuz aus dem 15. Jahrhundert. Oder auch die Prunkstücke der Sammlung, die von Abt Rupert V. Keutzl um 1480 erworben wurden: eine Mitra mit reichem Edelsteinbesatz, ein ebenso kunstvoll verziertes Pastorale sowie eine zugehörige Schließe für den liturgischen Prunkmantel.
Zudem spürt die Abteilung „St. Peter und die Musik“ den fruchtbaren Verbindungen der Erzabtei zu Johann Michael Haydn und Wolfgang Amadé Mozart nach und zeigt u.a. das reich mit Schnitzwerk dekorierte Claviorganum: ein kunstvoll gefertigtes Orgelinstrument aus dem Besitz von Erzbischof Wolf Dietrich.
Im dritten Teil der Dauerausstellung wird die Geschichte von St. Peter erzählt, bis hin zum Klosterleben heute. In filmischer Umsetzung erzählen etwa der Erzabt und die Mitglieder des Konvents vom Leben im Kloster: über ihren Tagesablauf, ihre Aufgaben, ihr Sprechen mit Gott.
In der ehemaligen Gemäldegalerie der Fürsterzbischöfe (heute: Lange Galerie), die zwischen 1657 und 1661 unter Guidobald Graf von Thun errichtet und 1819 der Erzabtei St. Peter übertragen wurde, sind großformatige Gemälde aus der Sammlung der Abtei zu sehen, die vor allem der religiösen Andacht dienten und für Räumlichkeiten des Stifts entstanden.

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